Севастополь с момента основания является городом многонациональным. В нем вместе с христианами, греко-католиками, караимами, евреями и другими национальными общинами проживает немало мусульман. До Крымской войны в Севастополе была одна действующая мечеть, однако в период войны она была разрушена. В самом начале XX века активизировалось городское строительство. Особенно поощрялось властями возведение культовых сооружений. Открывались новые православные храмы, лютеранская кирха, строилась караимская кенаса.
Представители мусульман г.Севастополя дважды в 1901 и 1905 гг. ходатайствовали перед городской управой о выделении участка земли для строительства мечети. В 1907 году городскими властями было принято решение о выделении земельного участка для строительства мечети. Первоначально строительство мечети планировалось на центральном холме, но фактически закладка мечети состоялась только 28 июня 1909 года по другому адресу: улица Азовская, 43 (ныне Кулакова 31) в присутствии градоначальника Кульстрема С.К., представителей администраций общественных учреждений, мусульманского духовенства, офицеров-мусульман севастопольского гарнизона и др. приглашенных.
Мечеть сооружалась подрядным способом, подрядчиком Н.А. Абрамовым, при участии строительного комитета во главе с Сеит-Али Сенаджиевым. На строительство было ассигновано из вакуфного капитала 14 тысяч рублей. Остальные были собраны путем добровольных пожертвований, которые поступали в местное мусульманское общество. Так 9.10.1912 г. от мусульман паломников поступило 4 тыс. рублей и как указывалось в прессе: «благодаря этим пожертвованиям, постройка мечети должна быть закончена к 1 января 1913 г.» Весь же приход средств составил 60 тыс. 379 рублей 59 коп. Однако расходы превышали доход, и строительство мечети было закончено к апрелю 1914 года.
Надпись над порталом мечети, как утверждает исследователь В. Гуркович, гласит о том, что мечеть строилась с 1909 по 1912 гг. (видимо написанная заранее). Об этом имеются упоминания и в других источниках, в частности, в энциклопедическом справочнике Севастополя, в сборнике «Исторические улицы и памятники Севастополя» (сборник выпущен Музеем героической обороны и освобождения Севастополя), книге «На Черноморском побережье» (Е. Алтабаева, В. Коваленко). Однако фактически - по объективным причинам: из-за сложной экономической и политической обстановки в стране (выборы в Государственную думу, война на Балканах), и как следствие – нехватки средств - строительство мечети затянулось еще на два года. Хотя иногда в недостроенной мечети по большим праздникам проходили богослужения (например, на 100-летие войны 1812 г.) Торжественное открытие и освящение мечети состоялось 20 апреля 1914 года. Мечеть была убрана флагами, коврами и гирляндами цветов.
На открытии присутствовали: вр. генерал-губернатор, главный командир севастопольского порта и начальника гарнизона г. Севастополя вице-адмирал Маньковский, градоначальник города С.И. Бурлей, комендант севастопольской крепости генерал-майор Коркашвили, полицмейстер Бочаров, городской голова Н.Ф. Ергопуло, бахчисарайский голова г. Крымтаев, турецкий консул Ахмед-Джамиль-бей, архитектор градоначальства Г.П. Долин, члены управы, гласные городской думы, представители мусульманского духовенства, офицеры мусульмане севастопольского гарнизона и др. Мечеть имела двойной статус: была гражданской и военной одновременно.
Муллой гражданского населения стал уроженец Симбирской губернии Рахимов Юсуф Исмаилович, анухом (военным священником) Черноморского флота – Мухамед-Захир Замалетдинов. Он родился в 1870 г. в деревне Новые Мочалы Курмышинского уезда Симбирской губернии в семье деревенского муллы Исмаила. После окончания деревенского медресе, с отличием окончил медресе в Буинске и на средства благотворительного общества был отправлен для дальнейшей учебы в Стамбул, где получил богословское образование.
Получив богословское образование, Рахимов поселился в Севастополе, в 1909 г. и стал преподавателем, а затем директором севастопольской татарской народной школы, где наряду с крымскими татарами обучались дети переселенцев казанских татар.
В 1913 г. на территории градоначальства проживало 88 тыс.473 человека, из них 2 тысячи 246 мусульман. Центром духовной жизни севастопольских мусульман стала вновь выстроенная соборная мечеть в городе. При мечети было открыто Общество пособия бедным мусульманам. При мечети действовала мусульманская школа – мектеб. В 1913 году в школе обучалось 39 учеников…
К концу 1930 года, в связи с проводимой кампанией по раскулачиванию крестьянства, все мечети в пригородных деревнях были закрыты. По праздникам и пятницам мусульмане из сел вынуждены были приезжать на богослужение в город. Число молящихся в праздничные дни составляло от 600 до 1000 человек. По этой причине соборную мечеть в городе не закрыли, хотя неоднократные попытки со стороны властей предпринимались, и храм продержался еще до 1938 года.
Президиум севастопольского горсовета 24 июня 1938 г. постановил расторгнуть договор с татарским религиозным обществом и ликвидировать севастопольскую мечеть. После закрытия мечети в здании размещался кинотеатр, а впоследствии – архив Черноморского флота.
В годы Великой Отечественной войны мечеть значительно пострадала. Авиабомбой были разрушены купол и крыша здания, выгорели внутренние деревянные конструкции, не пострадал только минарет, но он был снесен в 1948 году при реконструкции и восстановлении здания.
С июля 1992 года по пятницам мусульманская община Севастополя, по согласованию с командованием Черноморского флота, стала проводить службы на втором этаже здания архива. В 1994 году помещение было освобождено от архива и передано верующим. В 1995 году проведена реставрация и восстановление мечети, а в 2000 году турецкими строителями- каменотесами по типовому проекту выстроен новый минарет. Высота его от земли - 40 метров, от крыши мечети - 26 метров..
